首先，第一工業(yè)廢水處理技術(shù)特別復(fù)雜。處理工藝的選擇需要考慮多個(gè)方面，包括污染企業(yè)的生產(chǎn)工藝。工業(yè)廢水處理工藝復(fù)雜，一些企業(yè)投資不足，無法妥善處理；一些企業(yè)已經(jīng)投入了足夠的資金，但由于后期管理不善，水量達(dá)不到標(biāo)準(zhǔn)，無法達(dá)到預(yù)期效果。
第二，工業(yè)廢水處理技術(shù)水平有限。從目前掌握的技術(shù)水平來看，我國(guó)許多工業(yè)廢水處理理論上無法達(dá)到標(biāo)準(zhǔn)。也許它可以在檢查期間處理，但它無法實(shí)現(xiàn)真正的長(zhǎng)期穩(wěn)定運(yùn)行。

第三，中國(guó)的經(jīng)濟(jì)還不太發(fā)達(dá)，不僅廢水難以處理，而且對(duì)經(jīng)濟(jì)貢獻(xiàn)巨大的高產(chǎn)量污染企業(yè)也將繼續(xù)存在。就制藥行業(yè)而言，中國(guó)許多制藥廠都是初級(jí)制藥公司，有大量的污染生產(chǎn)。

第四，工業(yè)園區(qū)污水處理問題。工業(yè)園區(qū)的初衷是集中處理工業(yè)廢水，但在現(xiàn)實(shí)中，它產(chǎn)生了新的問題。工業(yè)廢水集中在一起后，在末端建造一個(gè)公共的集中污水處理廠，每個(gè)工廠的廢水需要經(jīng)過一定程度的處理才能進(jìn)入污水處理廠。
第五，“負(fù)面影響”問題。一些污染企業(yè)不想在廢水處理上投入太多資金，逐利企業(yè)仍有這種觀念。他們認(rèn)為，工業(yè)廢水的處理除了滿足環(huán)保部門的檢查以避免處罰外，沒有任何好處，反而增加了成本。

第六，市場(chǎng)混亂問題。承擔(dān)工業(yè)廢水處理項(xiàng)目的污染治理企業(yè)“環(huán)保公司”可謂魚龍混雜。因此，行業(yè)內(nèi)形成了惡性競(jìng)爭(zhēng)，導(dǎo)致一些曾經(jīng)致力于工業(yè)廢水領(lǐng)域的公司在面臨機(jī)遇時(shí)轉(zhuǎn)型。

第七，規(guī)模效應(yīng)問題。許多工業(yè)廢水處理項(xiàng)目訂單不足，與城市污水處理相比，難以形成規(guī)模效應(yīng)和產(chǎn)生大型企業(yè)。盡管在這一領(lǐng)域有優(yōu)秀的環(huán)保公司，但很難像市政污水處理企業(yè)那樣實(shí)現(xiàn)數(shù)百萬(wàn)甚至數(shù)千萬(wàn)噸的日處理規(guī)模。
第八，商業(yè)模式問題。每個(gè)環(huán)保公司都有獨(dú)特的生存方式，但主要模式仍然是“設(shè)計(jì)、采購(gòu)、施工”，其他普遍適用的商業(yè)模式仍在探索中。
第九，零排放誤解。多年來，中國(guó)一直在實(shí)施工業(yè)廢水零排放處理，但在現(xiàn)實(shí)中，無法實(shí)現(xiàn)真正的零排放，目前中國(guó)也沒有完美的零排放案例。對(duì)零排放的誤解導(dǎo)致許多企業(yè)在這個(gè)問題上盲目依賴設(shè)備和技術(shù)。
第十個(gè)問題是排放標(biāo)準(zhǔn)執(zhí)行困難和監(jiān)管松懈。缺乏嚴(yán)格監(jiān)管“一刀切”、脫離實(shí)際是一些行業(yè)難以執(zhí)行排放標(biāo)準(zhǔn)的主要原因，工業(yè)廢水處理行業(yè)也面臨類似問題。